本发明公开了一种酸性高硫酸盐有机废水的处理工艺及其装置。属于废水处理技术领域,具体处理方法步骤为:(1)中和沉淀处理,使用石灰乳调节废水pH,形成CaSO4沉淀并和水分离;(2)一段厌氧处理,中和沉淀出水进入一段厌氧处理,在厌氧反应器底通入氮气,进行搅拌吹脱,将H2S从水相中解析进入液面上的气相,气相中的H2S引入干法脱硫器进行脱硫,脱硫后的氮气通过鼓风机再次引入一段厌氧反应器循环利用;(3)二段厌氧处理,脱硫后的废水进入二段厌氧反应器,完成厌氧产甲烷反应,二段厌氧出水进入好氧反应池进一步处理。本发明的处理工艺可有效降低SO42-和S2-对厌氧生物处理产生的抑制和毒害作用,提升污水处理效果。